始めてみたいけどストーリーも舞台も人物もわけからん！英語だし！とかいう人のために、大まかにこの辺まで把握しておけば楽しめるかもという情報を書いておきます。
が、MYST、RIVEN、EXILEあたりのネタバレを激しく含みます。
今後これらのMYSTクロニクルを遊びたいと思っている人は、そっちを遊んだあとで読んだ方がよいです。
MYST以前の話
まずアトラスという男の話です。
この部分はMYSTの前日譚にあたり、ゲーム内では殆ど触れられません。公式によるサポートストーリー：ミスト─アトラスの書で明らかにされた内容となります。残念ながら日本語訳は絶版。
アトラスは祖母のアナ（別名ティアナ）と共に、ニューメキシコあたりの砂漠にできた地面の裂け目を家として暮らしていました。アトラスは聡明で、小学生くらいの歳にもかかわらず地熱を利用した発電機や蓄電池なんかを自作しているあたり、すごい才能を持っていました。祖母から教わるさまざまな知識とともに元気に成長していきます。その知識の中には、「ドニ」と呼ばれる国、そして世界を本に記述し、その本に手をかざすことでその世界へと移動する不思議な技術にまつわるおとぎ話も含まれていました。
アトラスが13歳の時、暮らしている裂け目の傍にある休火山から突然一人の男が現れます。男はゲーンと名乗り、アトラスの父だということが判明します。ゲーンはアナの制止を振りきって、アトラスを連れ出します。連れ出す先は、休火山にひっそりと存在していた洞窟の奥、地底深くに存在する今は滅びてしまった国…ドニでした。
実は祖母のアナはドニを訪れた事があるばかりか、ドニ人と結婚した唯一の地上人であり、ドニが崩壊してしまったあと息子のゲーンと地上へ戻った過去があったのです（ゲーンは滅びる前のドニで教育を受けたこともあってドニの技術を捨てきれず、アトラスが生まれた直後、アナと決別して再びドニの廃墟へと戻ってしまいました）。
そんなことはおかまいなしにドニがおとぎ話だと思っていたアトラスは大興奮、しかも話の中にあった「世界を記述する」ということも現実の話だということを知ってテンション上がりまくり。2人は長い長い洞窟を下り、ついにドニのある巨大な地底湖へとたどり着きます。
そこでアトラスはゲーンから「記述」の技術を叩き込まれます。が、技術を習得し、さまざまな世界を調査するにつれ、アトラスはゲーンの記述法には大きな誤りがあるのではないかと思うようになります。
そんなこんなで父親との確執が高まってきたころ、アトラスはゲーンの記述した幾つもの世界のうち「リヴン」と呼ばれる世界へ迷い込み、そこでキャサリンという少女に出会います。彼女はゲーンに「記述」の技術を教わっていました。ドニの血を引く者にしか不可能だと思っていた「記述」の技術がそうでなかったことや、彼女の記述した時代がやたらめったらアトラスの知る物理法則を無視した世界だったこともあって、アトラスはいろいろと目からウロコであり、ついでにキャサリンとも関係がよろしくなってきたところで、ゲーンがキャサリンを嫁にしようとしていることが判明します。
で、アトラスはキャサリンと謀って、ついでに実はアトラスが心配でこっそり洞窟についてきていた祖母アナの手助けもあって、ゲーンを「リヴン」時代に幽閉することに成功します。
アトラスとキャサリンとアナの3人は、「ミスト」という小さな島の時代へ移り住み、アトラスとキャサリンは結婚。2人の息子をもうけて、つかの間の平和を楽しむのでした。が、ゲーンを幽閉したときにミストへの接続書が世界の狭間に消えて行ったことがちょっと心配だったりはしてました。
MYSTあたりの話
アトラスの2人の息子…シーラスとアクナー…は元気に成長しました、が、どうも育て方を間違たらしく、えらくわがままで自分勝手に育ってしまいました。彼ら兄弟は結局アトラスから「記述」の技術を教えてもらえず、かわりに既にアトラスが記述したさまざまな時代を自分のものにしようと企み、アトラスを騙して、昔ゲーンと滞在したドニの一角、「クヴィーア」という島に幽閉してしまいます。そしてキャサリンも騙し、あろうことかゲーンの閉じ込められている「リヴン」へ送り込んでしまいます。キャサリンはまんまとゲーンに捕まってしまいました。
そして兄弟は兄弟で、自分たちも罠にかかって「牢獄の時代」へとそれぞれ幽閉されてしまいました。結果、ミストは無人になりました。ちなみにその頃には既に祖母アナは亡くなっています。
さて、キャサリンが送られた「リヴン」はもともとの作者、ゲーンの記述がしっかりしてなかったせいで絶賛崩壊中であり、アトラスはキャサリンを助けに行きたいが少しでもリヴンの崩壊を遅らせるために記述書の修正を続けなければならず、クヴィーアを離れることが出来ませんでした。
そこへ全く予想もしなかった救いの手が現れます。
彼（彼女？）こそがMYSTの主人公、つまり「あなた」であり、ひょんなことから手に入れたミストへの接続書によって転送されてきた地球人でした。
彼はアトラスの作った数々の仕掛けを解き、時代を行き来し、牢獄の本に閉じ込められている兄弟の甘い言葉を躱し、ついにアトラスと接触します。そしてアトラスを解放する事に成功し、これで元の世界に帰れると思いきや、リヴンに送られてしまったキャサリンの救出を押し付けられます。
RIVENあたりの話
キャサリンを救出しにリヴンへ向かうプレイヤー、しかし渡されたのはたいしてよくわからないアトラスの日記と、ゲーンを閉じ込めるための牢獄の本のみ。
しかもリヴン到着早々に牢獄の本を奪われちゃったりします。
数々のパズルを解き、ようやくゲーンを牢獄の本に閉じ込め、キャサリンを解放することに成功します。アトラスにミッション成功の合図を送るために、塞いであった「星の裂け目」という空間の亀裂のようなものを開きます。とたんに崩壊が加速するリヴン。アトラスが現れて、キャサリンと共にミストへ戻っていきますが、接続書はそのまま星の裂け目へ落ちて行きます。ついでにリヴンも限界に達し、地面が崩れて主人公も落ちて行きます。
結局主人公はどうなったかわからないままエンディングとなり、そりゃないぜアトラス、という感じでしたが結局「星の裂け目」が地球へ戻る道だったようです。
主人公は元気に3作目「Exile」に登場し、またもやまんまとアトラスにこき使われる羽目になります。
EXILEあたりの話
リヴンでの出来事から数年後、アトラスは「トマーナ」という時代（とはいえ、地球上らしい）に移り住んでいました。そこへ主人公が訪れます。
アトラスとキャサリンの間にはイーシャという娘が生まれていました。彼女こそがURUにおいて重要な役割を担って登場するキャラクターです。URUでは20～30代くらいの容姿になっています。
Exileでアトラスは、ドニの崩壊後に散り散りになってしまった生き残りが新しく移り住むための時代「レリーシャン」の執筆にとりかかっています。が、過去、アトラスの2人の息子に人生をめちゃくちゃにされた男が現れ、レリーシャンの記述書を奪い去ってしまいます。
主人公はその本を取り戻しに再々度、さまざまな時代へ冒険に出るのですが、この後はそんなにURUに関わってこないので述べません。
ややこしいかもしれない点
上記のMystにまつわる物語（アトラス一族にまつわる物語）での主人公、いわゆるプレイヤーと、URUであなたが操るプレイヤーは別人です。
URUのプレイヤーはDRCの呼び掛けで集まった「探索者」の一人で、アトラス一族との関わりは一切ありません。ただ、URU開始早々にイーシャには出会うことになるでしょう。
DRCとはドニ復興委員会の略称で、上記の砂漠の裂け目とドニの洞窟を発見した地上人の団体です。やっぱりアトラス一族やMystシリーズの主人公とは全く関係なく、偶然ドニを発見した地球人、という位置づけです。ただ、ドニ発掘調査の過程で「アトラスと彼にまつわる物語」を記録として知ってはいるようです。
アトラスの娘イーシャが出てきますが、DRCとの直接的な接触はないようです。
その他
上述のように、ドニは架空の文明ではありますが、非常に綿密に設定が作られています。ドニが（以前の世界の崩壊に伴ない）この世界に現れたのが約1万年前、そこから1万年分の年表なんかも存在していますし、独自の数字、言語、時間感覚などが細かく設定されています。
とくにドニ数字（※別サイトが開きます）に関しては、覚えないと謎解きもままならなかったりするので、はじめようと思う方はとにかくドニ数字だけでも覚えておくのをおすすめします。とはいえ規則性があるので結構簡単に覚えることは可能です。
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